双方は保健福祉家族部と農林水産食品部にそれぞれ分かれている食品検疫体系を食品医薬品安全庁に一本化する案を長期的課題として検討することにしたとされる。ある関係者は「食品検疫体系が保健福祉家族部と農林水産食品部に分かれ、農林水産食品部内ではさらに農産物と水産物、畜産物に細分化され効率的な業務が困難との指摘があった」とし、長期的には体系を一元化し、効率性を高めていくことで意見の一致をみたと話している。
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これに向け、政府と与党は短期課題として官庁間で別々に管理されている農水産物や加工食品などに対するデータを統合管理する案を進める。官庁間の検疫体系の一元化に先立ち、保健環境研究院や国立農産物品質管理院、韓国保健産業振興院など食品関連検査機関の一元化を進める案も積極的に検討することにした。
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