農林水産食品部は国会で開かれた家畜法改正特別委員会全体会議に提出した「家畜法改正論議関連報告書」を通じ、民主党をはじめ野党が提出した家畜法改正案に対する否定的意見を提示した。報告書は「世界貿易機関(WTO)の衛生植物検疫措置の適用に関する協定(SPS協定)によると、国際基準よりもさらに高い水準の衛生措置を取るには科学的根拠と客観性が認められる措置などがあるべきで、加盟国の意見を聞かなければならない」とし、利害当事国の反対や異議申し立ての可能性があると指摘している。
家畜法改正案と現行の輸入衛生条件の調和については、「既存の衛生条件が改正法違反の結果をもたらす」とし、米国、豪州、ニュージーランドなどと国家間合意を行った衛生条件を一方的に改正しなければならない要因が生じると説明した。また、輸入牛肉に対してだけ牛海綿状脳症(BSE)全頭検査を求めるのは国内産牛肉に与えていない義務を課すことになり、SPS協定上、差別適用に該当するとの見解を明らかにした。
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