外交通商部によると、他国のＥＥＺ内で海洋測量をする場合には沿岸国の許可を受けなくてはならないが、日本の海上保安庁は国際水路機構（ＩＨＯ）に測量計画を通知しながらも韓国側には通知していないという。日本がＩＨＯに通知した水路探査機関は１４日から６月３０日までとなっている。
国連海洋法では、他国のＥＥＺ内で探査する場合には沿岸国の許可を求めるよう定められており、これに違反する場合には関連国は調査を停止させることができる。また、韓国の海洋科学調査法でも、外国人が韓国のＥＥＺ内で調査を行う場合には、韓国政府の同意を得るよう定めており、許可を得ない場合には停船命令やだ捕など必要な措置が取れるとしている。
韓国政府は日本側が韓国側ＥＥＺに無断進入する場合に備え、１４日午前１１時に青瓦台（大統領府）で関係閣僚らが集まる中で対策会議を行った。また、外交通商部の柳明桓（ユ・ミョンファン）第１次官が午後２時に大島正太郎・駐韓日本大使を呼び、強く抗議するとともに計画の撤回を求めた。
この席で柳次官は「韓国政府の許可なく韓国側ＥＥＺ内で探査を行うのは無断進入であり、厳重に抗議する。日本が計画を強行するならば可能なすべての手段を使い阻止する」と警告した。これに対し大島大使は「日本が測量しようとしている水域は日本のＥＥＺというのが日本政府の立場だ」とし、韓国側の考えを本国政府に伝えると述べた。日本側は鬱陵島と独島の中間線を両国のＥＥＺ境界線だと主張している。
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